水産学部は、「海を怖れず、海を愛し、海を拓け」をモットーに鹿児島から東南アジア・南太平洋を含む海洋や水域をフィールドとし、水産資源の持続的生産とその合理的利用、水圏環境の保全、生活文化の創出の分野で地域貢献と国際社会に貢献する人材を育成することを教育の目的としています。また、平成15年には大学教育分野では初めて国際的な品質基準であるISO9001認証を取得しました（平成29年終了）。平成30年以降はISO9001の規格に基づいた独自の教育システムを運用し、教育の改善と質の保証に取り組んでいます。