| 日本側協力大学 | フィリピン側協力大学 |
| 鹿児島大学水産学部 | Division of Chemistry, College of Arts and Sciences |
| 鹿児島大学大学院水産学研究科 | School of Technology, UP Visayas |
| 鹿児島大学大学院連合農学研究科 | College of Fisheries and Ocean Sciences, UP Visayas |
| 鹿児島大学連合大学院農学研究科 | Marine Science Institute, UP Diliman |
| 鹿児島大学大学院理工学研究科 | Fish Health Section, SEAFDEC, AQD, Tigbauan, Iloilo |
| Center for Brackishwater Aquaculture Development | College of Arts and Sciences, UP Visayas |
| 三重大学大学院生物資源学研究科 | National Research Institute, UP Diliman, Quezon City |
| 三重大学伊賀拠点 | The southeast Asian Fisheries Dvelopment Center |
| 福山大学生命工学部 | College of Management, UP Visayas |
| 国立環境研究所 | College of Fisheries, UPVisayas |
| 北海道大学大学院水産科学研究院 | Coll. of Fisheries, UPV |
| 東京海洋大学海洋科学部 | University of San Carlos |
| 日本大学生物資源科学部 | CEBU Technological University |
| 近畿大学農学部 | |
| 長崎大学水産学部 | |
| 広島大学大学院生物圏科学研究科 | |
| 明海大学経済学部 | |
| 水産大学校水産流通経営学科 | |
| 東京経済大学経済学部 | |
| 重大学大学院生物資源学研究科 | |
| Faculty of Chemical Engineering Hochiminh City University of Technology | |
| Faculty of Marine Science and Fishery Hasanuddin Univerity | |
| Faculty of Fisheries and Marine Sciences Bogor Agricultural University | |
| Faculty of Fisheries Kasetsart University | |
| University of Putra Malaysia | |
| University Putra Malaysia | |
| University Malaysia Terengganu | |
| University Malaysia Terengganu | |
| Faculty of Fisheries, Kasetsart University | |
| faculty of human ecology |
